泥鳅是一年多次产卵的鱼类，在自然条件下，华东地区产卵期在4-8月份，一般从4月上旬开始繁殖，5-6月份是产卵的盛期，繁殖水温为18-30℃，最适水温为25-28℃。

雌性泥鳅成熟要比雄性迟，体长达到5厘米时，腹腔内有一对卵巢;达到8厘米时两个卵巢自然愈合，形成一个卵巢，并由前端向后端延伸，这时整个卵巢发育正常。雌鳅最小成熟个体在10厘米左右，其怀卵量因个体大小而有较大的差异。一般怀卵量在7 000一45 000粒，以10 000粒左右的为大多数，少数大者怀卵量可达65 000粒。泥鳅卵呈无色透明体或菊黄色，圆形，卵径在1.2一1.3毫米，属弱姑性卵，平时虽能在附着物上私着，可很快会脱落。雄鳅最小成熟个体为5^-6厘米，性成熟期比雌鳅早;雄鳅有精巢1对，呈带状，位于腹腔的两侧，不对称，一般右侧的精巢要比左侧的精巢长而狭窄，重量亦轻。当雄鳅体长达到9-11厘米时，精巢内的精子有6亿个以上。

泥鳅的生殖方式相当特殊，在生殖期雌、雄鳅的头部和体部互相摩擦，并相继游出水层表面;雄鳅追逐纠缠雌鳅，并卷曲于雌鳅的体腹，以不断刺激雌鳅排卵，而雄鳅同时排出精子，进行体外受精。该种特殊的动作因个体大小不同而次数也不等，个体大的可在10次以上，个体小的在5一6次。受精卵主要粘附在水草或禾苗上，水温在28-"30℃时，一般经2-3天即可孵出幼苗。