泥鳅对低溶氧的耐受能力是很强的，离水不容易死亡，水体中溶氧低于0.16毫克/升时也能存活。有试验证明：在水温24.5℃时，泥鳅幼鱼的窒息点为0.48毫克/升，成鱼的窒息点为0.24毫克/升。比青鱼、草鱼、维、螂等（0.58—0.99毫克/升）要低，仅比鲡（0.23毫克/升）高。这是由于泥鳅不仅能用鳃呼吸，而且还能利用皮肤和肠进行呼吸。泥鳅肠壁很薄，具有丰富的血管网，能够进行气体交换，具辅助呼吸功能，所以又称为“肠呼吸”。当水中溶氧不足时，它便会浮出水面吞咽空气，在肠内进行气体交换，然后，废气从肛门排出。人工养殖时，动物性饵料不宜投喂太多，以免摄食过量，阻碍肠道呼吸而导致死亡。据研究，泥鳅耗氧量的1/3是由肠呼吸取得的。  

由于皮肤和肠都能进行呼吸，所以，泥鳅的呼吸没有稳定的频率，慢时每分钟只有几次，快时能超过100次。