泥鳅具有吸吮底泥从中摄取有机营养的特性，其消化器官也与之相适应。泥鳅的食管短且较细，有利于选择性细泥的顺利通过。肠道粗且短，无盘曲，前段约1/3部分膨大形成T字形胃，有利于大量储食；中部盘曲，有3—5个螺旋弯曲；后肠直且逐渐变细，有利于食糜消化。肠道长度所占体长的比例，随体长的增加而稍有缩减。  

泥鳅的摄食，具有生理节律性变化的特点。在幼苗发育阶段，由于对蛋白质和能量的依赖性和转化率最强，一般在体长3厘米以下时，几乎均以动物性饵料为主，如轮虫、摇蚊幼虫、原生动物等浮游动物和丝蛆叫等。此阶段由于其总摄食量少，动物性饵料容易使其得到满足，也就是形成了幼苗偏爱动物性饵料的习性。此时，泥鳅幼苗胃、肠食物团中有一定量的腐殖质，可能是捕食过程中回圈吞进的附带物。当泥鳅体长为3—5厘米时，摄食动物性饵料的能力增强，生长较迅速。当体长为5—8厘米时，由于食量增大以及天然饵料的限制，泥鳅便转为以浮游动物、腐殖质、硅藻、有机碎屑和水草的嫩叶、根等为主。